Về diện tích đất nông nghiệp, đã hoàn thành công tác đo đạc ngoại nghiệp được 7.827ha đất nông nghiệp của 13/27 xã còn đất nông nghiệp chưa được cấp và đang tiến hành kiểm tra, lập khoảng 4.288 hồ sơ cấp giấy nông nghiệp cho các hộ gia đình.

Đồng thời, rà soát hoàn thiện hồ sơ đề nghị điều chỉnh quy hoạch 3 loại rừng sang đất sản xuất nông nghiệp. Tổng diện tích đất lâm nghiệp của huyện là hơn 90.000ha; diện tích thực hiện rà soát, chuyển đổi, điều chỉnh quy hoạch 3 loại rừng dự kiến khoảng 48.828ha. Trong đó, có khoảng 39.000ha diện tích đất quy hoạch lâm nghiệp chưa có rừng. Diện tích đất quy hoạch rừng phòng hộ đầu nguồn (rừng tự nhiên nghèo kiệt) 1.181ha. Diện tích đất có rừng ngoài lâm nghiệp đưa vào quy hoạch 5.507ha và khoảng 3.000ha đất nông nghiệp thoái hóa, bạc màu không còn khả năng canh tác chuyển sang đất lâm nghiệp để phát triển rừng kinh tế.

Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, huyện Phù Yên gặp vướng mắc trong việc trao GCN đã ký cho các hộ gia đình, cá nhân. Hiện nay, còn nhiều hộ từ năm 2013 chưa được trao GCN cho người dân, với 3.512 GCN. Nguyên nhân là do các hồ sơ chưa hoàn thiện thủ tục về miễn giảm tiền sử dụng đất cho các hộ theo quy định. Các hộ chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính, do chưa có nhu cầu sử dụng tới GCN hoặc chưa đủ điều kiện thực hiện nghĩa vụ tài chính.

Do cơ quan thuế và chi nhánh văn phòng đăng ký đất đai huyện còn lúng túng trong việc chuyển thông tin và xác định nghĩa vụ tài chính. Tại thời điểm 2013-2014, Văn phòng đăng ký đất đai đã chuyển thông tin để xác định nghĩa vụ tài chính cho các hộ, nhưng cơ quan thuế chưa thông báo xác định nghĩa vụ tài chính cho các hộ, chỉ thông báo tạm tính để các hộ có nhu cầu thì tới nhận thông báo, rồi thực hiện nghĩa vụ tài chính để nhận giấy. Tuy nhiên, khi thực hiện, chưa xác định rõ thời điểm chuyển thông tin và thời điểm để tính giá thu tiền sử dụng đất (tại thời điểm cấp giấy hay thời điểm thông báo nộp thuế).

Bên cạnh đó, do phòng TN&MT huyện có số lượng công chức ít (4 biên chế), trình độ chuyên môn, kinh nghiệm công tác không đồng đều. Chi nhánh Văn phòng đăng ký đất đai thiếu cơ sở vật chất, thiết bị, máy móc, công nghệ. Một số xã và công chức địa chính xã còn thiếu trách nhiệm, chưa phối hợp chặt chẽ với đơn vị tư vấn và chưa chủ động vào cuộc trong công tác rà soát, đo đạc, lập hồ sơ cấp giấy cho các hộ.