Theo Tổng cục Quản lý đất đai, sau khi Luật Đất đai 2013 có hiệu lực, Tổng cục đã chỉ đạo, đôn đốc, hướng dẫn các địa phương thực hiện việc kiện toàn Văn phòng đăng ký đất đai, đồng thời, thực hiện rà soát việc tổng hợp báo cáo kết quả thành lập và tình hình hoạt động động của các Văn phòng. Việc thành lập Văn phòng đã giúp đẩy nhanh quá trình hiện đại hóa ngành Quản lý đất đai, giảm thời gian thực hiện thủ tục hành chính về đai.

Tuy vậy, tính đến hết tháng 9/2017, 10 tỉnh thành chưa thành lập là: Điện Biên, Lai Châu, Yên Bái, Quảng Ninh, Phú Thọ, Hải Dương, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình. Nguyên nhân là do nhiều tỉnh chưa phê duyệt Đề án thành lập Văn phòng mà đợi để xem xét việc hoạt động của các tỉnh, thành phố khác trước khi phê duyệt. Trong đó, riêng tỉnh Quảng Ninh đang thực hiện thí điểm mô hình Trung tâm Hành chính công của tỉnh.

Bên cạnh đó, một số địa phương lại cho rằng, việc thành lập Văn phòng, thẩm quyền ký cấp Giấy chứng nhận và các hoạt động khác sẽ dồn về cấp tỉnh sẽ gây gáp lực về khối lượng công việc và trách nhiệm cho các cơ quan chuyên môn cấp tỉnh. Nhiều địa phương có địa bàn cấp huyện rộng, phân tán, xa trung tâm tỉnh nên lo ngại việc luân chuyện hồ sơ thực hiện thủ tục hành chính về đất đai từ huyện lên tỉnh sẽ kéo dài và phát sinh chi phí.

Đối với các tỉnh, thành phố đã thành lập Văn phòng cũng gặp một số khó khăn do các chi nhánh Văn phòng (ở cấp huyện) trước đây trực thuộc Phòng TN&MT nên trụ sở và trang thiết bị làm việc đều dùng chung. Sau khi tách ra phần lớn các Chi nhánh thường phải mượn lại trụ sở làm việc và kho lưu trữ hồ sơ, tình trạng thiếu thốn trang thiết bị để hoạt động còn phổ biến. Về nhân sự, phần lớn còn hạn chế, nhất là tại các tỉnh miền núi phía bắc, nhân lực tại các Văn phòng cấp tỉnh trung bình chỉ có 10 - 20 người, chi nhánh 5 - 7 người.

Việc xử lý các thủ tục hành chính về đất đai theo hướng hiện đại phụ thuộc rất nhiều vào cơ sở dữ liệu đất đai, mặc dù, trong thời gian qua, Bộ TN&MT đã rất quyết liệt trong việc chỉ đạo các địa phương tập trung xây dựng để làm nền tảng co việc vận hành của hệ thống Văn phòng nói riêng và việc thực hiện chính phủ điện tử. Song, việc triển khai thực hiện xây dựng Chính phủ địa chính còn hạn chế, đến nay, cả nước mới chỉ có 18 tỉnh, thành phố cơ bản hoàn thành và đang được khai thác sử dụng có hiệu quả ở cấp huyện.

Về cơ chế tài chính có các Văn phòng Đăng ký theo quy định còn gặp nhiều vướng mắc. Theo đó, chức năng của Văn phòng là dịch vụ công nhưng lại qua thu phí, lệ phí có mức thu thấp, nhiều nơi người tham gia giao dịch lại được miễn, trong khi Văn phòng chỉ được sử dụng một phần nên không đủ cho việc hoạt động thời xuyên.

Ngoài ra, hầu hết các Văn phòng trong thời gian mới thành lập với lý do việc bàn giao kế hoạch, dự toán ngân sách của các địa phương từ cấp huyện lên cấp tỉnh còn chậm. Số lượng Văn phòng được địa phương đảm bảo kinh phí hoạt động thường xuyên để thực hiện chức năng, nhiệm vụ còn hạn chế.